Первой страницей в истории деятельности иезуитов в России стала миссия Антонио Поссевино ко двору Ивана Грозного в 1581 году. Несколько понтификов пытались до того момента установить с Москвой дипломатические отношения, но ни одному из них это не удавалось. Поэтому поднялось сильное волнение, когда в феврале 1581 года в Рим прибыли три представителя Ивана IV. Русский монарх, которому не везло в войне с Польшей, просил вмешательства и посредничества Папы, предлагая со своей стороны открыться для Запада. Папа Григорий XIII ухватился за возможность разрушить давние преграды и исследовать возможность сближения России со Святым Престолом, таким образом, заполучая могущественного союзника в войне с турками.

Папа решил выслать своего представителя, и эта тяжкая и требовательная обязанность была возложена на Поссевино, уже закаленного своей предыдущей миссией в Швеции. 12 августа 1581 года итальянский иезуит впервые встретился с Иваном Грозным. Затем началась полоса дипломатических ухищрений, которые были обречены на провал. За благожелательной маской царь скрывал свою цель – замедлить продвижение Польши на восток. Ничто другое его не интересовало. Стремлением Папы было религиозное единство как необходимое прочное основание для любых дипломатических действий; как символ этой цели, Поссевино вручил Ивану копии декретов Флорентийского Собора. Для русского царя же единственной мотивацией была крайняя необходимость заключить мир с Польшей. Царь упорно вел свою линию и поставил весьма жесткие условия. Он настаивал, и Поссевино пришлось согласиться на то, чтобы сначала разобраться со светскими делами. Поссевино повел переговоры с Польшей, и он сумел добиться заключения десятилетнего перемирия между двумя великими славянскими народами. Это событие имело место в небольшой пограничной деревне Киверова Гурка. Вернувшись в Москву, итальянский иезуит намеревался наконец-то приступить к обсуждению вопросов веры, однако Иван не выказывал особого интереса. 21 февраля 1582 Поссевино запомнил навсегда. В этот день он и Иван Грозный пришли к основному вопросу папской миссии – вопросу религиозногo единства. Иван взорвался, изливая гнев, презрение и злобу. Он грозил иезуитам своим скипетром, которым не так давно убил собственного сына. Поссевино тихо и спокойно перенес волну монаршего гнева. 14 марта он отбыл из Москвы в Рим в сопровождении русского посла, у которого не было прав вести дальнейшие переговоры. Так, обменом даров и дипломатических любезностей, закончились тяжкие, но не принесшие непосредственных плодов труды Поссевино ради приближения религиозного согласия между Римом и Москвой.

Следующей страницей деятельности иезуитов на землях, входивших в зону влияния русских царей, была поддержка движения в сторону католицизма среди белорусов. Белорусы были постоянно раздираемы между Россией и Польшей. В XVI веке в силу ряда причин многие стали склоняться к Риму, несмотря на принадлежность византийскому обряду. Поддержание этого настроения и его развитие стало одной из основных задач Петра Скарги. В 1577 году он опубликовал своевременную и убедительную книгу под названием “Единство Церкви Божьей”. В этой книге Скарга не стал говорить о вселенском единении всех Восточных Церквей с Римской, но сосредоточил свое внимание на Польше и Литве и предупредил белорусов, что в союзе с патриархом Константинополя (в то время Константинополем владели турки) они никогда не обретут силы для того, чтобы выйти из состояния упадка, в котором они оказались еще в прошлом веке. Добиться роста они смогут только в союзе с Престолом Святого Петра. Скарга уверял белорусов, что присоединившись к Римской Церкви – “прекрасной царице, облаченной в разноцветные одежды,” – они смогут сохранить прежние обряды и литургию. Также он напомнил белорусам, что ранее они принимали участие в единении с Римом, которое произошло на Соборе во Флоренции (1438-1445).

Другие иезуиты содействовали Скарге. Станислав Соколовски опубликовал две работы, в которых одобрял идею единения с Римом, а отцы в Вильне, посредством проповедей и наставлений, создали благоприятную для Святого Престола интеллектуальную атмосферу. Никогда прежде литературная жизнь белорусов не была столь активной. Антонио Поссевино убедил Папу Григория XIII учредить в Вильне семинарию для белорусов, а также обеспечить им обучение в управляемых иезуитами коллегиях в Оломоуце, Браунсберге и Праге, в Греческой Коллегии в Риме. В итоге белорусские епископы подали официальное прошение о воссоединении с Римом, и 23 декабря 1595 года Папа Климент VIII объявил, что отныне Белорусская Церковь едина с Римской. В октябре следующего года в Бресте состоялась церемония, на которой присутствовали Скарга и его товарищи, и в ходе которой белорусские епископы торжественно ратифицировали объединение церквей. Это событие известно под названием Брестская Уния и фактически является региональным возрождением Флорентийской Унии; благодаря ему Белоруссия вошла в польско-литовский союз. Но вскоре это великое достижение дало трещины: многие белорусы не пожелали оставлять православие, и последовали годы горьких разногласий, приведших также и к насилию.

Третья попытка иезуитов была связана с историей в высшей степени неоднозначной. Центральной фигурой в новом начинании стал таинственного происхождения русский по имени Дмитрий, который провозглашал себя законным наследником российского престола. В 1584 году Иван IV умер. За его смертью последовала анархия; посреди всеобщего хаоса, пропал Дмитрий, маленький сын Ивана. В 1603 году, почти через двадцать лет, в период правления Бориса Годунова, в Польше объявился молодой человек, заявлявший, что он и есть Дмитрий. Папский нунций Клаудио Рангони поверил ему. Король Сигизмунд решил поддержать его притязания на российский престол. Рангони представил его иезуиту Гаспару Савицкому. Дмитрий выразил желание стать католиком, и 17 апреля 1604 года Савикцки принял его исповедание веры. Перед королем Польши, папским нунцием и иезуитами открылись прекрасные и заманчивые перспективы: коронация Дмитрия, и последующее воссоединение России с Римом, направляемое и вдохновляемое Дмитрием. Папа Климент VIII был осторожен, а его преемник Павел V – полон энтузиазма. В Польше Дмитрий собрал армию и вступил в Россию, сопровождаемый двумя иезуитами-капелланами: Миколаем Чижовским и Гаспаром Савицким. Дмитрий одерживал победу за победой и, наконец, 20 июня 1605 года он вступил в Москву, приветствуемый народом. В то же самое время против нового правителя поднималась волна политического и религиозного недовольства. Среди всего прочего, во всей истории отталкивало присутствие двух иезуитов, которых отождествляли с латинской литургией и традицией. В феврале 1606 года Чижовски предупредил Дмитрия, что против него [Дмитрия] замышляется заговор. Прошло совсем немного времени с того момента, как Дмитрий и Савицки обсуждали план открытия школы иезуитов, а 27 мая 1606 года поднялся бунт, и Дмитрий был убит в Кремле боярами. Дмитрий, разумеется, не был сыном Ивана IV – скорее, орудием в руках бояр, недовольных правлением Бориса Годунова, и унес с собой в могилу непомерные и напрасные надежды Ватикана и иезуитов, которые в качестве духовных советников, послов и капелланов приняли участие в этой странной истории. Перспективы, насколько бы они ни были грандиозными и захватывающими, опирались на слабейшем основании: на надежде отвратить целый народ от верности их религиозным и церковным традициям при помощи неустойчивого правителя.

Перемещаясь в XVIII век, в момент роспуска Общества Иисуса в 1773 году (спустя год после первого раздела Польши) около двухсот иезуитов в четырех коллегиях и двух резиденциях польских и литовских областей находились на землях, где правительницей была императрица Екатерина Великая. Благодаря этим обстоятельствам Общество продолжило существовать в России до 1820 года. Два фактора повлияли на создание этой ситуации: во-первых, непримиримость императрицы, которая, оценивая вклад иезуитов в культурное развитие своей страны, не позволила опубликовать буллу о роспуске; и во-вторых, постепенная, нерешительная уступка Папы Пия VI Екатерине. Булла Dominus ac Redemptor прибыла в Польшу в середине сентября 1773 года. Екатерина приказала, чтобы эту буллу считали несуществующей, и губернатор Могилева приказал, чтобы все копии документа были переданы ему. Перед иезуитами встал щекотливый вопрос: зависит ли сила действия буллы от соблюдения канонических правил при обнародовании. В то время главою местных иезуитов был ректор Полоцкой коллегии, литвин Станислав Черневич, который незадолго до публикации папской буллы в Польше был назначен вице-провинциалом иезуитов в Белоруссии. Черневич обратился к Пию VI. Он разъяснил Папе позицию канонических адвокатов, считавших, что для иезуитов в Белоруссии, поскольку бреве там обнародовано не было, по-прежнему являлось долгом соблюдение монашеских обетов и Устава Общества. Далее он указывал, что, несмотря на такую интерпретацию, некоторые из его подчиненных колеблются во взглядах, а некоторые даже считают себя обязанными выйти из Общества. Через кардинала Карло Реццонико Черневич любезно попросил Папу дать понять, какова его позиция. 13 января 1776 года Папа дал загадочный ответ: “Пусть плод ваших молитв, как предвижу я и желаешь ты, будет благоприятен”. Белорусские иезуиты продолжали служение в своих школах и церквях.

Между 1780 и 1783 гг. произошли три события, способствовавшие росту Общества и упрочению его позиций: открытие новициата (открылся в Полоцке 2 февраля 1780 года‚ и насчитывал 8 новициев), избрание генерального викария и устное одобрение существования Общества в Росии Пием VI 12 марта 1783 года, когда он трижды повторил: “Я даю свое согласие”. Десять лет прошло с тех пор, как Климент XIV издал Dominus ac Redemptor, и теперь Екатерина была вознаграждена за свою непоколебимость. В 1800 г. новый правитель, царь Павел I, передал Обществу церковь Святой Екатерины в Санкт-Петербурге и дал согласие на открытие в городе коллегии. Примечательно письмо императора Папе Пию VII:

Святейший Отче!

Преподобный отец Грубер, настоятель монахов Общества Иисуса, обосновавшихся в наших государствах, передал мне пожелание членов этого Общества быть признанными Вашим Святейшеством. Я не счел возможным отказаться просить Ваше Святейшество о формальном утверждении этого Ордена, к которому я испытываю особый интерес. Надеюсь, что мои хлопоты не останутся без результата.
С глубоким уважением остаюсь, Ваше Святейшество, Вашим самым верным другом.

7 марта 1801 года Папа Римский Пий VII издал документ “Catholicae fidei”, в котором официально утвердил Общество Иисуса на территории Российской Империи, где оно не переставало существовать. Папа сделал это по предложению генерального викария иезуитов в России отца Франциска Кареу и по личной письменной просьбе царя Павла I. Это подтверждение стало важным событием для последующего полного восстановления Ордена иезуитов во всем мире, которое произошло в 1814 году. Период пребывания иезуитов в Российской Империи имеет большое значение в непрерывной истории Общества Иисуса, особенно для его полного восстановления во всем мире в 1814 году. Спустя шесть лет после восстановления Ордена царь Александр I подписал декрет об изгнании иезуитов из своей Империи. Одной из предположительных причин столь жесткого решения, помимо пробуждения национализма после войны с французами, было обращение в католичество некоторых дам высшего петербургского света: Александры и Елизаветы Голицыных, княгини Головиной и г-жи Свечиной. Все они были увлечены французской религиозной культурой. Непосредственной причиной выдворения иезуитов из России было обращение в католичество одного из учеников иезуитской коллегии, племянника министра Голицына и генерала Кутузова.

Спустя десятилетия, когда к власти пришло Временное правительство Керенского, членам Ордена разрешили снова приехать в страну, но это разрешение уже через несколько месяцев утратило силу.

В ноябре 1930 года генерал ордена Владимир Ледуховский направил своим братьям письмо, в котором выражалось намерение организовать подготовку иезуитов для работы в России. Но до тех пор, пока въезд в страну был невозможен, предписывалось работать в среде эмигрантов и заниматься научными исследованиями. Была образована группа иезуитов-ученых, которые должны были пройти специальный курс богословия в Риме с ориентацией на византийский обряд. Кроме того, к участию в апостольской деятельности должны были привлекаться и священники латинского обряда. С этого времени основная деятельность русского апостольства Общества Иисуса заключается в руководстве коллегией “Руссикум”, Институтом исследований марксизма в Григорианском университете в Риме и Центром русских исследований Св. Георгия в Медоне.

Позиция советских властей по отношению к Ордену иезуитов была всегда негативной. В работе Д.Е. Михневича “Очерки из истории католической реакции (иезуиты)”, выпущенной в Москве в 1955 году, есть глава о “преступлениях иезуитов против русского народа”.

В июле 1977 года генерал ордена о. Педро Аррупе в течение трех дней был гостем Русской Православной Церкви. С согласия митрополита Ювеналия он обратился со словом к верующим, собравшимся в одной из московских церквей.

Начиная уже с XIX века, заинтересованные духовными ценностями католичества и деятельностью Общества, в его ряды вступали русские. В середине прошлого века это были князь Иван Гагарин (1814-1882), основатель “Славянской библиотеки” в Париже, публицисты Иван Мартынов (1821-1894) и Евгений Балабин (1815-1895)‚ основоположники существующего до нашего времени журнала “Etudes”. Среди известных русских иезуитов, принадлежащих следующим поколениям, нужно упомянуть Николая Бока (1880-1962) – бывшего дипломата Императорской Российской Миссии при Св. Престоле в Риме, также публициста; Ивана Кологривова (1890-1954) – профессора русской духовности в Папском Восточном Институте в Риме (а также автора книги “Очерки по истории русской святости”, впервые изданной в Брюсселе в 1961 г., а позже переизданной в России); Станислава Тышкевича (1887-1962) – богослова, профессора в Папском Григорианском Университете и в Папском Восточном Институте в Риме‚ в течение 30 лет преподававшем там восточное богословие и русский язык; Георгия Коваленко (1900-1975) – эконома в Папской Семинарии “Руссикум” в Риме. Среди наших современников это также Виктор Новиков (1905-1979)‚ вступивший в Общество Иисуса в Альбертине (Польша)‚ и вместе с американским иезуитом, о. Вальтером Чишеком, попавшим в ГУЛАГ. После окончания срока в лагере он нашел работу преподавателя латинского языка в Башкирском городе Белебей.

После принятия закона о свободе вероисповедания (1990 г.) стало возможным зарегистрировать 21 июня 1992 г. Независимый Российский Регион Общества Иисуса.